1-Desenvolver pesquisas, de caráter interdisciplinar, que aprofundem o conhecimento sobre a biodiversidade dos ecossistemas nos quais há atividade pesqueira e de aquicultura no Amapá, bem como pesquisa sobre processos e tecnologias voltadas à pesca e aquicultura com viés agroecológico;

2-Desenvolver projetos, programas e cursos de extensão universitária e em ATER para assessoramento técnico-científico que viabilizem o manejo participativo e adequado dos recursos pesqueiros nos seus aspectos ambientais, econômicos, sociais e culturais;

3- difundir tecnologias de aqüicultura e pesca e do beneficiamento, processamento e comercialização de pescado sob a perspectiva agroecológica;

4- Promoção de atividade de extensão, como promoção da saúde das comunidades envolvidas nas atividades de pesca e aquicultura; inclusão digital e alfabetização de jovens e adultos e outras atividades que possam criar condições de melhoria de vida das comunidades envolvidas;

5-Promover articulação com e entre as Colônias de Pescadores e demais entidades representativas do setor pesqueiro e da aquicultura, em nível estadual, para planejamento e REGISTRO de dados referentes à pesca e à aqüicultura, bem como possibilitar o intercâmbio com instituições nacionais e internacionais de interesse no setor;

6- Criar banco de dados sobre aquicultura e pesca das comunidades envolvidas, disponibilizando as informações produzidas para os órgãos governamentais e movimentos sociais a fim de subsidiar a elaboração e implementação de Políticas Públicas voltadas para o setor; 

7-Promover e acompanhar acordos de pesca e aquicultura em áreas de conflitos no Amapá;

8-Formar profissionais de nível superior com especialidades em pesquisa e extensão em aquicultura e pesca, os quais poderão subsidiar atividades de ensino em nível de ensino básico, graduação e pós-graduação através de práticas pedagógicas, voltadas ao contexto do desenvolvimento agroecológico em aquicultura e pesca.